1989年，经原江苏省教委批准（苏教人〔89〕65号），学校审计处成立。审计处是负责学校内部审计工作的职能部门，对学校及所属单位的财务收支、经济活动、内部控制、风险管理等实施独立、客观的监督、评价和建议，以促进完善治理、增加价值、实现学校事业发展目标。

审计处在校党委审计委员会和学校主要领导的领导下开展工作，由校长主管，副校长协管。审计处现有专职审计人员10人，其中江苏省会计领军人才1名，副高5名，硕士研究生8名，具备比较完备的高级审计师、高级会计师、注册会计师、造价工程师以及审计师等专业人才。设有财务审计科、工程审计科、政策法规科和办公室等四个职能科室。建处以来荣获“全国内部审计先进集体” “江苏省内部审计先进集体”等多项荣誉。

审计处坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面落实中央、省委有关决策部署，在省审计厅、教育厅的指导下，紧紧围绕学校中心工作，切实履行审计监督职责，强化数智审计、优化资源配置，按照纵向与横向相统一、有形与有效相统一、数量与质量相统一的要求，以重点人和重要事为线索，实现审计立体全覆盖，在维护经济安全、促进依法治校、助力反腐倡廉等方面发挥重要作用。